Die Verwaltung der BBS Bersenbrück wird vom Verwaltungsteam durchgeführt. Zu dem Team gehören Frau Apel, Frau Bornhorst, Frau Hilker, Frau Kuznetsov (Leitung) und Frau Rehkamp.
Die Verwaltung ist nach dem Vier-Augen-Prinzip organisiert. Wo möglich kann eine Verwaltungstätigkeit von mindestens zwei Teammitgliedern ausgeführt werden.